在老版的86五笔中，拆字规则和汉字结构的割裂非常突出，比如：
- 左 = 、，上下结构
- 灰 = 、，上下结构
- 君 = 、、，杂合结构
结构完全相同的字，但是一会儿是上下结构，一会是杂合结构，几乎毫无规律可言，再如：
- 矢 = 、，上下结构
- 午 = 、，上下结构
- 乍 = 、、，杂合结构
早期的王永民孤军奋战，搞出了这些显而易见的冲突，也无可厚非。为了学习老86，人们只能去接受、去迎合这种与汉字结构剥离的突兀感。
其实这些问题也曾一度引发讨论，比如「兰 = 、 」才是符合汉字结构常识的拆分，通用《新华字典》中属「丷」部首，但是老86中拆成了「兰 = 、二」。
「求」字亦然，在《新华字典》中属「水」部，但老86中却拆出了「」。「束」字本属「木」部，却拆出了「小」，凡此种种，致使人们普遍认为86五笔属于是在汉字的结构之外，独立创造了一套新的规则。这种「剥离汉字结构」去学习五笔的现实，使得「86五笔」进入中小学课堂的路被彻底堵死。
此时的王永民已经功成名就，掌握了大量资源。谋求更进一步的他，组织众多学者及机构（比如北京师范大学文学院、华中师范文学院）参与改进86五笔。当提交98版专利书时，我们就看到了主要整改的对象就是老86中曾经引起广泛争议的「丑、凸、凹、年、束、求、兰、未、末、来、着」等等。同时，也把「末笔识别码」彻底规范化，定为「末根的末笔」，而不是「该字书写序或空间序的最后一笔」。
虽然此时公开发布的98五笔，依然不免错讹，但是客观地讲，确实治愈了86五笔胎带的顽疾，「剥离汉字结构」的拆法，在98五笔中基本不存在了。为此，王永民还自豪地在专利书的标题上加上「规范」二字。
然而非常遗憾的是，98五笔的商业运作方面，并未如他期待的那样成功：86五笔用户的惯性是巨大的。加之输掉86版权官司等接连打击，98五笔上投入巨大的王码集团却几乎粒颗无收。甚至不得不搬出物业费与场租费都很贵的中关村，裁掉了王码集团大部分销售人员。
商业上碰壁的王永民，只好做出妥协，在98五笔的蓝本上往老86的方向二次删改，然而廉颇已老，弄出了拆字冲突混乱、码表低效，风格不伦不类的新世纪五笔。
